来自异次元的种族MU占领了东京，并将城市潜躲在重大的防护壁今后，他们欺诳在东京生存的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU构造声势逐步壮大。某日，在同MU剧烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的通俗少年不测的来到了位于东京湾的地下神殿傍边，在这里，绫人见到了巨型机械人“Rahxephon”…

西歷2017年東京上空忽然出現謎之侵进者,其目标一切不明,之後人類與稱之為MU的敵人的超火器戰鬥,世界各國的軍隊均遭到嚴重的打擊,然而在TOKYO JUPITER形成後地球連軍與敵方形成膠著狀態,直到2027年現在MU的潛在危險仍存在著,地球也持續對抗....... 。