不测流产让满心期待宝宝降生的约翰（Peter Sarsgaard 饰）和凯特（Vera Farmiga 维拉•法米加 饰）深受冲击，凯特精力几近解体，而他们的婚配也朝不保夕。为了挽救濒临破败婚配，这对佳耦前往孤儿院停整理收养一个孩子。在这里，他们见到了有些特立独行的小女孩伊斯特（Isabelle Fuhrman 伊莎贝尔•福尔曼 饰）。小女孩所披发出的怪异气质吸引…

在上一集中，爱丽丝（米拉·乔沃维奇 Milla Jovovich 饰）救出了被冷冻的伙伴们，世人在分开之际却被赶来的雇佣兵赶尽杀尽。T病毒使红皇后（Megan Charpentier 饰）的程序产生了毛病，变得残暴嗜血的她想要杀死最初的人类扑灭地球。唯一可以阻拦红皇后的只有爱丽丝一人。而此刻，掉了才能的爱丽丝却被珍爱伞公司囚禁在位于海底的奥秘基地中。…