在影戏FTF里出现的变种alien从一个基因手艺研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder往找阿谁alien。Scully证实出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案如今由Spender和Fowley主管。Gibson最初又不见了。

穆德（David Duchovny 大卫?杜楚尼 饰）被外星起义者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲?安德森 饰）亦同时发明本人怀怀孕孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉要求Skinner（Mitch Pileggi 饰）援助寻觅同伴，孤枪侠也介进进来。FBI高层则派出捕快约翰?多格特（Robert Patrick 罗伯特?帕特立克 饰）辅佐查询拜访，但两小我的初度会晤不欢…

谁也不曾想过，七十年前那期神秘的罗斯威尔事务，时至今天仍对全数人类产生着云云重大的影响。并且鲜少有人窥见实情的全貌，即便它就在那边。某天，过着颓丧生存的前联邦捕快福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）以及他最为信任的同伴——正在某某教会医院担当医师的丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）从新聚…