遭到突如其来的怪兽攻击，地球上的人类几近衰亡。为了人类最初的停整理，由7名女性构成的TEAM·U守护着地球上最初的孩子。　　与此同时，因为听到呼叫而从其它宇宙前来的赛罗奥特曼、戴拿奥特曼和高斯奥特曼成功与TEAM·U齐集。而侵犯地球的幕后元凶百特星人，亦把魔手伸向地球上仅存的孩子……

本作承接《奥特银河搏斗2：重大阴谋》，报告奥特英豪们与阿布索留特人之间哆嗦银河的命运之战。　　同时新的奥特兵士——雷古洛思奥特曼和阿布索留特人的兵士——迪亚波罗亦将退场。

ZAP SPACY收到了求救旌旗暗号，雷等人敏捷驾驶盘龙号前往，但却被吸进扭曲空间。在扭曲空间的一颗惑星上，雷他们碰见了其他次元的本人，并且出现了一头机械哥莫拉。原来在这个星球上，莎乐美星人正在举行奥秘实验，令所有次元的接洽都集结在一起。雷欢迎哥莫拉迎战机械哥莫拉不敌，合法危急之际，赛罗奥特曼出现救援。而为了计划的继续举行，莎…